Công tác kế toán công ty TNHH đóng vai trò là xương sống trong quản trị tài chính, giúp doanh nghiệp không chỉ tuân thủ pháp luật mà còn tối ưu hóa dòng tiền. Trong thực tế, rất nhiều công ty TNHH gặp rắc rối với cơ quan thuế không phải vì mục đích gian lận, mà chủ yếu do hệ thống kế toán ngay từ đầu được vận hành theo tư duy của hộ kinh doanh cá thể. Với sự ra đời của Thông tư 99/2025/TT-BTC, kế toán hiện đại buộc phải chuyển mình từ việc ghi chép sổ sách thủ công sang quản trị dữ liệu số minh bạch để thích ứng với kỷ nguyên mới.
Tổng quan về công tác kế toán trong loại hình công ty TNHH
Kế toán trong loại hình công ty trách nhiệm hữu hạn (TNHH) mang tính chiến lược cao, giúp chủ sở hữu kiểm soát rủi ro pháp lý và đo lường hiệu quả kinh doanh một cách thực chất. Một đặc điểm pháp lý cốt lõi của loại hình này là tính độc lập về tài sản giữa chủ sở hữu và pháp nhân công ty. Thành viên góp vốn chỉ chịu trách nhiệm về các khoản nợ và nghĩa vụ tài sản của công ty trong phạm vi số vốn đã cam kết góp.
Tuy nhiên, quá trình vận hành tại Việt Nam thường cho thấy những kẽ hở tài chính đáng lo ngại như sau:
- Tình trạng chủ sở hữu rút tiền cá nhân từ tài khoản công ty một cách tự phát cho các mục đích tiêu dùng riêng, gây khó khăn nghiêm trọng cho việc giải trình chi phí hợp lệ khi quyết toán thuế.
- Nhầm lẫn giữa chi phí sinh hoạt gia đình và chi phí phục vụ sản xuất kinh doanh, dẫn đến rủi ro bị loại toàn bộ các khoản chi phí này và bị truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp kèm tiền phạt nộp chậm.
- Vận hành công ty thiếu sự tách biệt rõ ràng trong quản trị tài chính, khiến số liệu trên báo cáo tài chính bị sai lệch, không phản ánh đúng sức khỏe thực sự của doanh nghiệp.
Thông tư 99/2025/TT-BTC không chỉ thay đổi cách thức ghi nhận nghiệp vụ, mà còn buộc kế toán công ty TNHH phải tái cấu trúc toàn bộ hệ thống dữ liệu tài chính theo hướng số hóa và tức thời hơn.
Đặc điểm riêng biệt của kế toán công ty TNHH một thành viên và hai thành viên trở lên
Dù cùng chung bản chất trách nhiệm hữu hạn, mỗi hình thức sở hữu lại đòi hỏi kế toán phải áp dụng những kỹ thuật hạch toán và kiểm soát khác nhau để bảo vệ lợi ích của doanh nghiệp.
Đối với kế toán công ty TNHH một thành viên, trọng tâm hàng đầu nằm ở việc thiết lập ranh giới chi tiêu của chủ sở hữu. Kế toán cần thực hiện:
- Bóc tách và phân loại rõ ràng các khoản chi cho mục đích cá nhân để đảm bảo tính hợp lệ của chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
- Theo dõi chi tiết vốn điều lệ và các khoản thặng dư vốn khi có phát sinh thay đổi chủ sở hữu duy nhất hoặc chuyển nhượng một phần vốn ra bên ngoài.
Đối với kế toán công ty TNHH hai thành viên trở lên, nghiệp vụ thường phức tạp hơn do phải cân bằng quyền lợi giữa các thành viên góp vốn. Các đầu việc then chốt bao gồm:
- Quản lý sổ đăng ký thành viên chặt chẽ, ghi nhận chính xác thời điểm và số vốn thực góp của từng thành viên để làm căn cứ phân chia quyền lợi.
- Thực hiện quy trình hạch toán phân phối lợi nhuận sau thuế và trích lập các quỹ dựa trên biên bản họp Hội đồng thành viên, tuân thủ nghiêm ngặt Điều 47 Luật Doanh nghiệp 2020.
Sơ đồ bộ máy kế toán công ty TNHH theo quy mô và mô hình quản trị
Xây dựng một bộ máy kế toán khoa học không chỉ giúp tiết kiệm chi phí vận hành mà còn tạo ra hệ thống kiểm soát nội bộ vững chắc. Tùy vào quy mô và chiến lược quản trị, công ty TNHH có thể lựa chọn mô hình tập trung tại trụ sở hoặc phân tán tại các chi nhánh.
Mô hình tập trung là lựa chọn tối ưu cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa (SMEs) để kiểm soát dữ liệu đồng nhất. Trong khi đó, mô hình phân tán giúp các công ty có nhiều cơ sở kinh doanh theo dõi hiệu quả hoạt động của từng đơn vị một cách chi tiết hơn.
Dưới đây là bảng phân tích cấu trúc bộ máy kế toán phù hợp với từng giai đoạn phát triển của doanh nghiệp:
| Quy mô doanh nghiệp | Mô hình nhân sự kiến nghị | Giá trị quản trị mang lại |
|---|---|---|
| Dưới 10 nhân sự | Một nhân sự đa năng hoặc dịch vụ kế toán chuyên nghiệp | Đảm bảo tính tuân thủ pháp luật thuế cơ bản với chi phí thấp nhất. |
| Từ 10 đến 50 nhân sự | Kế toán trưởng điều hành cùng 2 – 3 kế toán viên | Thiết lập sự kiểm soát chéo giữa các phần hành kho, công nợ và tiền mặt. |
| Trên 50 nhân sự | Bộ máy kế toán đầy đủ và bộ phận kiểm soát nội bộ | Cung cấp dữ liệu phân tích chuyên sâu phục vụ các quyết định đầu tư. |
Dù ở quy mô nào, doanh nghiệp cũng phải đảm bảo vị trí kế toán trưởng hoặc người phụ trách kế toán đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn nghề nghiệp quy định tại Luật Kế toán 2015.
Checklist thiết lập hệ thống kế toán và mở sổ cho công ty mới thành lập
Những bước đi đầu tiên trong việc thiết lập sổ sách sẽ quyết định sự ổn định tài chính lâu dài của doanh nghiệp. Kế toán cần thực hiện checklist sau để xây dựng nền tảng vững chắc:
- Lựa chọn chế độ kế toán phù hợp với thực tế: Thông tư 133/2016/TT-BTC dành cho quy mô nhỏ hoặc Thông tư 200/2014/TT-BTC cho quy mô lớn hơn.
- Thực hiện đăng ký phương pháp tính thuế giá trị gia tăng và phương pháp trích khấu hao tài sản cố định ngay từ kỳ kế toán đầu tiên.
- Thiết lập hệ thống sổ cái, sổ chi tiết và nhật ký chung trên nền tảng phần mềm để đảm bảo khả năng truy xuất dữ liệu nhanh chóng.
- Hoàn tất đăng ký chữ ký số và xây dựng quy trình lưu trữ chứng từ điện tử theo tiêu chuẩn kỹ thuật số năm 2025.
Việc chuẩn hóa danh mục tài khoản kế toán ngay từ ngày đầu giúp doanh nghiệp tránh được những điều chỉnh hồi tố phức tạp và tốn kém về sau.
Các thủ tục thuế quan trọng kế toán công ty TNHH cần thực hiện
Thủ tục thuế là nhiệm vụ bắt buộc với các mốc thời gian không thể trì hoãn. Việc nắm vững lộ trình thuế giúp doanh nghiệp chủ động về dòng tiền và tránh các rủi ro pháp lý.
Trong giai đoạn mới thành lập, các đầu việc ưu tiên bao gồm:
- Nộp tờ khai lệ phí môn bài. Cần lưu ý rằng theo Nghị định 22/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp mới thành lập thường được hưởng chính sách miễn lệ phí môn bài trong năm đầu tiên.
- Đăng ký và thông báo phát hành hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP.
Nghĩa vụ kê khai định kỳ hàng quý bao gồm:
- Lập tờ khai thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cá nhân nếu có phát sinh chi trả thu nhập thuộc diện chịu thuế.
- Tính toán và nộp tạm tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Việc này cần dựa trên kết quả kinh doanh thực tế để tránh bị phạt nộp chậm khi số tạm nộp thấp hơn quy định tại kỳ quyết toán năm.
Chế độ kế toán và khung pháp lý áp dụng trong năm 2025
Năm 2025 đánh dấu bước chuyển mình quan trọng khi Thông tư 99/2025/TT-BTC chính thức trở thành kim chỉ nam cho các doanh nghiệp. Quy định này đòi hỏi kế toán phải thay đổi tư duy ghi chép truyền thống sang quản trị dữ liệu tài chính thông minh. Việc ghi nhận doanh thu và đánh giá lại tài sản theo chuẩn mực mới buộc đội ngũ kế toán phải liên tục đào tạo và cập nhật kỹ năng.
Song song đó, lộ trình áp dụng chuẩn mực báo cáo tài chính quốc tế (IFRS) theo Quyết định 345/QĐ-BTC đang mở ra cơ hội lớn cho các công ty TNHH có nhu cầu huy động vốn ngoại hoặc mở rộng quy mô quốc tế. Việc tiệm cận với IFRS giúp báo cáo tài chính của doanh nghiệp trở nên đáng tin cậy hơn trong mắt các nhà đầu tư toàn cầu.
Rủi ro sai phạm thường gặp và giải pháp kiểm soát tài chính
Kế toán công ty TNHH nếu thiếu kinh nghiệm thực tế rất dễ rơi vào các sai lầm có thể gây thiệt hại nặng nề về tài chính:
- Không thực hiện góp đủ vốn điều lệ trong thời hạn 90 ngày nhưng vẫn hạch toán khống trên sổ sách, dẫn đến việc báo cáo tài chính sai lệch hoàn toàn về năng lực vốn.
- Hạch toán các khoản chi phí không phục vụ sản xuất kinh doanh, dẫn đến bị truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp và tiền phạt nặng khi cơ quan thuế thanh tra.
- Nhầm lẫn các khoản nợ phải trả giữa thành viên góp vốn và nhà cung cấp, gây sai lệch các chỉ số về khả năng thanh toán của doanh nghiệp.
Giải pháp hữu hiệu là xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ nghiêm ngặt và ứng dụng các phần mềm kế toán hiện đại có khả năng tự động đối soát dữ liệu với cổng thông tin của Tổng cục Thuế.
Xu hướng sử dụng dịch vụ kế toán tại các thành phố lớn
Tại các trung tâm kinh tế như TPHCM và Hà Nội, thuê dịch vụ kế toán bên ngoài không còn là giải pháp tình thế mà đã trở thành chiến lược tối ưu cho nhiều doanh nghiệp. Các công ty nên lựa chọn phương án này khi:
- Cần một đội ngũ chuyên gia có trình độ cao để xử lý các nghiệp vụ thuế phức tạp và đại diện giải trình trước cơ quan chức năng.
- Muốn tối ưu hóa chi phí bằng cách cắt giảm các khoản đầu tư cho bộ máy nhân sự tại chỗ, văn phòng và phần mềm chuyên dụng.
- Tìm kiếm một bộ phận phản biện tài chính độc lập, giúp chủ doanh nghiệp phát hiện sớm các rủi ro tiềm ẩn trước khi các cơ quan quản lý kiểm tra.
Dịch vụ kế toán chuyên nghiệp hiện nay đóng vai trò như một đối tác tư vấn chiến lược, giúp doanh nghiệp chuẩn hóa dữ liệu tài chính để phục vụ mục tiêu tăng trưởng dài hạn.
Những câu hỏi thường gặp về kế toán doanh nghiệp TNHH
Dưới đây là giải đáp ngắn gọn cho những vấn đề pháp lý mà kế toán và chủ doanh nghiệp thường quan tâm:
- Công ty mới thành lập khi nào nộp báo cáo thuế đầu tiên? Thông thường là tháng đầu tiên của quý kế tiếp sau khi nhận giấy phép kinh doanh.
- Chế độ kế toán có được thay đổi giữa năm không? Chế độ kế toán phải được áp dụng nhất quán trong cả năm tài chính, mọi thay đổi chỉ được thực hiện từ đầu năm tài chính tiếp theo.
- Mức phạt chậm nộp báo cáo tài chính năm 2025 là bao nhiêu? Theo Nghị định 41/2018/NĐ-CP, hành vi này có thể bị phạt từ 10 đến 30 triệu đồng tùy vào thời gian và mức độ vi phạm.
Kết luận
Kế toán công ty TNHH từ năm 2025 không chỉ đơn thuần là sự tuân thủ pháp lý mà là nền tảng cốt lõi cho mọi quyết định tăng trưởng. Việc áp dụng đúng các quy định như Thông tư 99/2025/TT-BTC và tận dụng công nghệ số sẽ giúp doanh nghiệp đi xa hơn trong một thị trường ngày càng yêu cầu cao về tính minh bạch. Hãy coi đầu tư vào hệ thống kế toán chuẩn mực là khoản đầu tư thông minh nhất để bảo vệ sự an toàn tài chính cho doanh nghiệp của bạn.
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
Các dịch vụ khác
- Kiểm toán: Dịch vụ Kiểm Toán, Dịch vụ Kiểm toán xây dựng, Dịch vụ kiểm toán BCTC
- Kế toán và Thuế: Dịch vụ kế toán thuế, Báo cáo thuế, Tư vấn Chuyển giá. Dịch Vụ Kế Toán Thuế, Dịch vụ báo cáo thuế, Dịch vụ Chuyển Giá, Dịch Vụ Giao Dịch Liên Kết
- Pháp lý: Dịch vụ giấy phép lao động, Dịch vụ chứng nhận đăng ký kinh doanh, Giấy Chứng Nhận Đầu Tư
- Khác: Dịch vụ Chuyển Giá, Dịch Vụ Giao Dịch Liên Kết, Dịch vụ Tư vấn Hoạt động Doanh nghiệp
Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.
