Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) số 49/2024/QH15 đã chính thức được Quốc hội thông qua và sẽ có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2025. Sự thay đổi này khiến không ít doanh nghiệp lo lắng về số tiền thuế chưa được khấu trừ hết từ giai đoạn trước. Liệu các khoản thuế GTGT phát sinh trước 1/7/2025 có được áp dụng theo chính sách hoàn thuế mới hay không? Đặc biệt, trong bối cảnh các hướng dẫn như Công văn số 6068/CT-CS về chính sách thuế GTGT đang được cộng đồng kế toán quan tâm, bài viết dưới đây sẽ làm rõ các quy định chuyển tiếp quan trọng này.
Thời điểm hiệu lực của Luật Thuế GTGT mới và các văn bản hướng dẫn
Luật Thuế GTGT 2024 mang đến lộ trình thay đổi rõ ràng. Về cơ bản, toàn bộ luật có hiệu lực từ ngày 01/07/2025. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần lưu ý một số mốc thời gian đặc biệt:
- Từ 01/07/2025: Áp dụng toàn bộ quy định mới về đối tượng chịu thuế, thuế suất và điều kiện hoàn thuế.
- Từ 01/01/2025: Một số quy định tại khoản 4 Điều 15 liên quan đến phân bón và máy móc nông nghiệp sẽ có hiệu lực sớm hơn để hỗ trợ sản xuất.
- Tham chiếu chính sách: Các doanh nghiệp thường xuyên theo sát Công văn số 6068/CT-CS về chính sách thuế GTGT và các văn bản tương đương để nắm bắt kịp thời các điều chỉnh về hóa đơn, chứng từ trong giai đoạn chuyển giao này.
Nguyên tắc áp dụng hoàn thuế theo kỳ
Đây là nội dung cốt lõi giúp doanh nghiệp xác định chính xác chính sách thuế cần áp dụng. Nguyên tắc cơ bản là: Việc hoàn thuế GTGT cho kỳ nào (tháng hoặc quý) thì áp dụng chính sách thuế có hiệu lực tại thời điểm của tháng hoặc quý đó.
Cụ thể, đối với trường hợp cơ sở kinh doanh có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu:
- Trước ngày 01/07/2025: Nếu doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên, thuộc đối tượng hoàn thuế và đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định của Luật cũ, thì khi đề nghị hoàn thuế cho các kỳ trước mốc này, doanh nghiệp vẫn áp dụng chính sách thuế hiện hành.
- Từ ngày 01/07/2025 trở đi: Khi đề nghị hoàn thuế GTGT cho các kỳ tính thuế phát sinh từ thời điểm này, doanh nghiệp phải tuân thủ các quy định, điều kiện và tiêu chuẩn hoàn thuế mới theo Luật số 49/2024/QH15.
- Thủ tục hành chính: Dù áp dụng chính sách thuế của kỳ nào, thủ tục hoàn thuế vẫn phải thực hiện theo đúng các quy định hiện hành của pháp luật về quản lý thuế tại thời điểm nộp hồ sơ.
Điều này có nghĩa là chính sách thuế gắn liền với “thời điểm phát sinh nghĩa vụ và quyền lợi” của kỳ tính thuế đó. Việc nắm vững Công văn số 6068/CT-CS về chính sách thuế GTGT sẽ giúp kế toán không bị nhầm lẫn khi tách biệt hồ sơ hoàn thuế giữa hai giai đoạn.
Thuế GTGT phát sinh trước 1/7/2025 được hoàn theo luật nào?
Căn cứ vào Điều 15 của Luật số 49/2024/QH15 về điều khoản chuyển tiếp, việc xử lý số thuế phát sinh trước ngày 1/7/2025 được phân loại như sau:
Trường hợp đối với dự án đầu tư
Với các dự án đang trong giai đoạn đầu tư, số thuế GTGT phát sinh trước 1/7/2025 chưa được khấu trừ hết sẽ tiếp tục được xử lý theo quy định của Luật số 13/2008/QH12 (Luật cũ). Điều này đồng nghĩa với việc doanh nghiệp vẫn được bảo lưu quyền lợi hoàn thuế theo các điều kiện cũ mà không bị bắt buộc phải áp dụng các tiêu chí khắt khe hơn (nếu có) của luật mới cho phần doanh số phát sinh trước đó.
Trường hợp hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
Tương tự như dự án đầu tư, các nghiệp vụ xuất khẩu hoàn thành trước mốc 1/7/2025 nhưng chưa lập hồ sơ hoàn thuế hoặc đang trong quá trình chờ xét duyệt sẽ áp dụng quy định về hồ sơ, thủ tục và điều kiện hoàn thuế của thời điểm phát sinh. Các nội dung trong Công văn số 6068/CT-CS về chính sách thuế GTGT cũng nhấn mạnh việc tuân thủ đúng thời điểm xác lập nghĩa vụ thuế để đảm bảo tính minh bạch.
Những điểm mới về hoàn thuế từ ngày 1/7/2025 doanh nghiệp cần biết
Dù các khoản phát sinh cũ được bảo lưu, nhưng từ sau mốc 1/7/2025, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với “cuộc chơi” mới:
- Mở rộng đối tượng hoàn thuế: Luật mới làm rõ hơn về hoàn thuế cho dự án đầu tư cùng tỉnh hoặc cùng thành phố và các trường hợp chia tách, sáp nhập doanh nghiệp.
- Chuyển đổi thuế suất: Phân bón và thiết bị nông nghiệp chuyên dụng chuyển từ đối tượng không chịu thuế sang chịu thuế suất 5%. Điều này giúp doanh nghiệp sản xuất trong nước được khấu trừ hoặc hoàn số thuế đầu vào vốn trước đây phải tính vào chi phí.
- Quy trình bù trừ thuế: Hướng dẫn chi tiết cách thức bù trừ thuế GTGT giữa các hoạt động kinh doanh khác nhau trước khi đề nghị hoàn.
Công văn số 6068/CT-CS về chính sách thuế GTGT sẽ giúp bộ phận kế toán định hướng được cách phân loại hóa đơn đầu vào sao cho tối ưu nhất trong giai đoạn này.
Xem thêm: Công văn 6175/CT-PC làm rõ điểm mới về xử phạt thuế, hóa đơn từ 16/01/2026
Hướng dẫn doanh nghiệp xử lý chuyển tiếp tối ưu
Để đảm bảo quyền lợi và tránh rủi ro pháp lý, doanh nghiệp nên thực hiện các bước sau:
- Rà soát số dư thuế: Tổng hợp và phân loại chính xác số thuế GTGT phát sinh trước 1/7/2025 đang còn treo trên tờ khai.
- Hoàn thiện hồ sơ sớm: Đối với các dự án đã đủ điều kiện hoàn thuế theo luật cũ, nên nộp hồ sơ trước tháng 6/2025 để tránh những lúng túng khi cơ quan thuế thay đổi hệ thống biểu mẫu theo luật mới.
- Cập nhật kiến thức: Thường xuyên tra cứu các văn bản hướng dẫn như Công văn số 6068/CT-CS về chính sách thuế GTGT để hiểu rõ cách áp dụng mức thuế suất 5% cho các mặt hàng mới bắt đầu từ năm 2025.
Nhìn chung, chìa khóa để xử lý giai đoạn chuyển tiếp này chính là sự phân định rõ ràng giữa “kỳ phát sinh” và “luật áp dụng”. Việc chủ động rà soát lại dữ liệu kế toán và đối chiếu với các hướng dẫn tại Công văn số 6068/CT-CS về chính sách thuế GTGT sẽ giúp doanh nghiệp không chỉ bảo vệ được số thuế đã tích lũy mà còn sẵn sàng cho các thay đổi tích cực về thuế suất nông nghiệp từ năm 2025 trở đi.
Kết luận
Tóm lại, số thuế GTGT phát sinh trước 1/7/2025 sẽ không bị ảnh hưởng tiêu cực bởi các thay đổi của Luật mới nhờ các điều khoản chuyển tiếp minh bạch. Doanh nghiệp vẫn được thực hiện quyền khấu trừ và hoàn thuế theo quy định cũ cho các kỳ tính thuế trước ngày 1/7/2025. Tuy nhiên, việc chuẩn bị sớm và hiểu rõ các hướng dẫn từ Công văn số 6068/CT-CS về chính sách thuế GTGT là chìa khóa để doanh nghiệp vận hành trơn tru và tối ưu hóa dòng tiền trong năm 2026.
Liên hệ MAN – Master Accountant Network để được tư vấn về những thay đổi trong luật định và những cập nhật về chính sách thuế mới!
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
Các dịch vụ khác
- Kiểm toán: Dịch vụ Kiểm Toán, Dịch vụ Kiểm toán xây dựng, Dịch vụ kiểm toán BCTC
- Kế toán và Thuế: Dịch vụ kế toán thuế, Báo cáo thuế, Tư vấn Chuyển giá. Dịch Vụ Kế Toán Thuế, Dịch vụ báo cáo thuế, Dịch vụ Chuyển Giá, Dịch Vụ Giao Dịch Liên Kết
- Pháp lý: Dịch vụ giấy phép lao động, Dịch vụ chứng nhận đăng ký kinh doanh, Giấy Chứng Nhận Đầu Tư
- Khác: Dịch vụ Chuyển Giá, Dịch Vụ Giao Dịch Liên Kết, Dịch vụ Tư vấn Hoạt động Doanh nghiệp
Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.
Nguồn trích dẫn: Công văn số 6068/CT-CS ngày 17/12/2025 của Cục Thuế về chính sách thuế GTGT
Ban biên tập MAN – Master Accountant Network
