Cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254 đang là mối quan tâm hàng đầu của kế toán viên và chủ doanh nghiệp khi văn bản này chính thức quy định lại các yêu cầu về bảo quản, lưu trữ hóa đơn, chứng từ điện tử. Không chỉ dừng lại ở việc lưu file trên máy tính, quy định mới đòi hỏi hóa đơn điện tử phải được lưu trữ dưới dạng thông điệp dữ liệu, đảm bảo tính an toàn và toàn vẹn trong suốt quá trình lưu trữ, đồng thời sẵn sàng in ra giấy hoặc tra cứu bất cứ khi nào cơ quan thuế yêu cầu. Bài viết dưới đây, được biên soạn dựa trên căn cứ pháp lý trực tiếp từ Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Luật Kế toán 2015, sẽ giúp bạn nắm rõ đầy đủ 04 yêu cầu bắt buộc khi lưu trữ, các mốc thời hạn lưu trữ quan trọng, cũng như quy trình thực hiện đúng chuẩn, để doanh nghiệp chủ động tuân thủ, tránh rủi ro khi bị thanh tra, kiểm toán.
Quy định về cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP
Theo khoản 1 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, việc bảo quản, lưu trữ hóa đơn, chứng từ được quy định thành hai nhóm yêu cầu chính:
- Yêu cầu về tính an toàn, toàn vẹn của dữ liệu;
- Và yêu cầu về hình thức lưu trữ dưới dạng thông điệp dữ liệu.
Đây chính là nền tảng pháp lý mà mọi tổ chức, cá nhân phát hành hoặc sử dụng hóa đơn điện tử cần nắm rõ trước khi thiết lập hệ thống lưu trữ nội bộ. Nói cách khác, cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254 không chỉ đơn thuần là việc giữ lại file hóa đơn, mà phải đáp ứng đồng thời các tiêu chí về bảo mật, tính toàn vẹn dữ liệu và khả năng truy xuất khi cơ quan có thẩm quyền yêu cầu.
Yêu cầu về tính an toàn, toàn vẹn của dữ liệu
Điểm a khoản 1 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định rõ:
Hóa đơn, chứng từ được bảo quản, lưu trữ phải đảm bảo tính an toàn, bảo mật, toàn vẹn, đầy đủ, không bị thay đổi, sai lệch trong suốt thời gian lưu trữ.
Đây là yêu cầu mang tính then chốt, bởi hóa đơn điện tử tồn tại dưới dạng dữ liệu số nên nguy cơ bị chỉnh sửa, giả mạo, hoặc thất lạc do lỗi kỹ thuật cao hơn nhiều so với chứng từ giấy truyền thống. Nếu dữ liệu hóa đơn bị thay đổi trong quá trình lưu trữ, dù vô tình hay cố ý, doanh nghiệp sẽ rất khó chứng minh tính hợp lệ của chứng từ khi cơ quan thuế đối chiếu, kiểm tra. Vì vậy, xây dựng cơ chế bảo mật chặt chẽ (phân quyền truy cập, mã hóa dữ liệu, ghi log lịch sử thao tác) không chỉ là khuyến nghị kỹ thuật mà là yêu cầu bắt buộc theo quy định pháp luật.
Hình thức lưu trữ hóa đơn điện tử dưới dạng thông điệp dữ liệu
Bên cạnh yêu cầu về an toàn dữ liệu, khoản 2 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử phải được bảo quản, lưu trữ dưới dạng thông điệp dữ liệu.
Điểm đáng chú ý: Là cơ quan, tổ chức, cá nhân được quyền lựa chọn và áp dụng hình thức bảo quản, lưu trữ phù hợp với đặc thù hoạt động cũng như khả năng ứng dụng công nghệ của đơn vị mình.
Tuy nhiên, sự linh hoạt này đi kèm với điều kiện ràng buộc: Hình thức lưu trữ được chọn phải đáp ứng đầy đủ các yêu cầu quy định tại Điều 13 Luật Giao dịch điện tử. Nói cách khác, doanh nghiệp không được tự do lưu trữ theo bất kỳ cách nào mà bỏ qua khung pháp lý về giao dịch điện tử.
Ngoài ra, quy định cũng nhấn mạnh hai điều kiện bắt buộc đi kèm:
- Hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử phải sẵn sàng in được ra giấy;
- Hoặc tra cứu được khi có yêu cầu.
Đây là hai tiêu chí mà bất kỳ đơn vị nào áp dụng cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254 cũng cần đảm bảo, bởi trong thực tế, cơ quan thuế, cơ quan thanh tra hoàn toàn có thể yêu cầu doanh nghiệp xuất trình hóa đơn dưới dạng bản in hoặc tra cứu trực tiếp trên hệ thống bất cứ lúc nào.
Tóm tắt 04 yêu cầu bắt buộc khi lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254:
- Đảm bảo tính an toàn, bảo mật, toàn vẹn, đầy đủ trong suốt thời gian lưu trữ, không bị thay đổi, sai lệch;
- Lưu trữ dưới dạng thông điệp dữ liệu, được lựa chọn hình thức phù hợp nhưng phải đáp ứng Điều 13 Luật Giao dịch điện tử;
- Sẵn sàng in được ra giấy khi có yêu cầu;
- Sẵn sàng tra cứu được khi có yêu cầu.
Xem thêm: Xuất hóa đơn theo Nghị định 254.
Thời hạn lưu trữ hóa đơn điện tử theo quy định pháp luật kế toán
Một điểm quan trọng cần lưu ý là Nghị định 254/2026/NĐ-CP không quy định riêng về thời hạn lưu trữ hóa đơn điện tử, mà dẫn chiếu áp dụng theo pháp luật kế toán. Cụ thể, khoản 1 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP nêu rõ hóa đơn, chứng từ phải được lưu trữ đúng và đủ thời hạn theo quy định của pháp luật kế toán. Do đó, để nắm đầy đủ cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254, doanh nghiệp bắt buộc phải đối chiếu thêm với Điều 41 Luật Kế toán 2015.
Thời hạn đưa hóa đơn vào lưu trữ 12 tháng
Theo khoản 3 Điều 41 Luật Kế toán 2015:
Tài liệu kế toán phải đưa vào lưu trữ trong thời hạn 12 tháng, kể từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm hoặc kết thúc công việc kế toán.
Đây là mốc thời gian mà kế toán doanh nghiệp cần lưu ý và chủ động hoàn tất việc chuyển hóa đơn, chứng từ từ giai đoạn “đang sử dụng” sang giai đoạn “lưu trữ chính thức”, đảm bảo dữ liệu không bị thất lạc trong quá trình chuyển đổi.
Thời hạn lưu trữ ít nhất 05 năm
Theo điểm a khoản 5 Điều 41 Luật Kế toán 2015:
Tài liệu kế toán dùng cho quản lý, điều hành của đơn vị kế toán, bao gồm cả chứng từ kế toán không sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính, phải được lưu trữ ít nhất 5 năm.
Nhóm này thường bao gồm các chứng từ mang tính chất tham chiếu, hỗ trợ công tác quản trị nội bộ nhưng không trực tiếp tham gia vào việc hạch toán hay lập báo cáo tài chính.
Thời hạn lưu trữ ít nhất 10 năm
Đây là mốc thời hạn mà phần lớn hóa đơn điện tử đầu vào, đầu ra của doanh nghiệp sẽ phải tuân thủ. Theo điểm b khoản 5 Điều 41 Luật Kế toán 2015:
Chứng từ kế toán sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính, cùng với sổ kế toán và báo cáo tài chính năm, phải được lưu trữ ít nhất 10 năm, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.
Vì hóa đơn điện tử (hóa đơn giá trị gia tăng, hóa đơn bán hàng…) chính là căn cứ trực tiếp để ghi sổ và lập báo cáo tài chính, nên trong đa số trường hợp, doanh nghiệp cần áp dụng thời hạn lưu trữ tối thiểu 10 năm cho nhóm chứng từ này.
Trường hợp lưu trữ vĩnh viễn
Điểm c khoản 5 Điều 41 Luật Kế toán 2015 còn quy định trường hợp lưu trữ vĩnh viễn như sau:
Đối với tài liệu kế toán có tính sử liệu, có ý nghĩa quan trọng về kinh tế, an ninh, quốc phòng.
Đây là nhóm tài liệu đặc thù, thường áp dụng cho một số loại hình đơn vị hoặc dự án có yếu tố đặc biệt theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Bảng tóm tắt thời hạn lưu trữ hóa đơn theo Nghị định 254 và Luật Kế toán 2015
Để tiện theo dõi và áp dụng chính xác cho từng loại hóa đơn, chứng từ trong thực tế, kế toán viên có thể tham khảo bảng tổng hợp các mốc thời hạn lưu trữ dưới đây, được hệ thống hóa dựa trên quy định tại khoản 1 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP và khoản 3, khoản 5 Điều 41 Luật Kế toán 2015:
| Mốc thời gian | Đối tượng áp dụng |
| 12 tháng | Thời hạn đưa tài liệu kế toán vào lưu trữ, tính từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm hoặc kết thúc công việc kế toán |
| Ít nhất 05 năm | Tài liệu kế toán dùng cho quản lý, điều hành, kể cả chứng từ không dùng trực tiếp để ghi sổ, lập báo cáo tài chính. |
| Ít nhất 10 năm | Chứng từ kế toán dùng trực tiếp để ghi sổ, lập báo cáo tài chính; sổ kế toán và báo cáo tài chính năm |
| Vĩnh viễn | Tài liệu kế toán có tính sử liệu, ý nghĩa quan trọng về kinh tế, an ninh, quốc phòng |
Có thể thấy, cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254 không tách rời khỏi các mốc thời hạn nêu trên, đây chính là căn cứ quan trọng để doanh nghiệp phân loại, sắp xếp và quản lý hóa đơn, chứng từ một cách khoa học ngay từ đầu, tránh tình trạng hủy dữ liệu sớm hoặc lưu trữ thiếu thời hạn dẫn đến vi phạm khi bị cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra. Trên cơ sở nắm rõ các mốc thời gian này, doanh nghiệp sẽ dễ dàng hơn trong việc xây dựng chính sách lưu trữ nội bộ phù hợp với từng loại chứng từ cụ thể.
Vì sao doanh nghiệp cần nắm rõ cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254?
Việc nắm vững và tuân thủ đúng cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254 không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn liên quan trực tiếp đến quyền lợi và sự an toàn tài chính của doanh nghiệp.
Trước hết, nếu doanh nghiệp lưu trữ sai hình thức hoặc không đủ thời hạn theo quy định, đơn vị có thể đối mặt với các chế tài xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán và thuế. Trong quá trình quyết toán thuế, thanh tra, kiểm toán, việc không xuất trình được hóa đơn hợp lệ khi cơ quan chức năng yêu cầu có thể khiến chi phí liên quan bị loại khỏi chi phí hợp lý, hợp lệ, ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp.
Thứ hai, rủi ro mất mát dữ liệu do sự cố kỹ thuật, không có cơ chế sao lưu định kỳ là vấn đề không hiếm gặp trong thực tế. Khi hóa đơn điện tử bị mất hoặc không thể tra cứu được, doanh nghiệp không chỉ gặp khó khăn trong công tác kế toán nội bộ mà còn có thể vi phạm trực tiếp yêu cầu “phải sẵn sàng in được ra giấy hoặc tra cứu được khi có yêu cầu” theo khoản 2 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Ngược lại, khi doanh nghiệp xây dựng được hệ thống lưu trữ hóa đơn điện tử tuân thủ đầy đủ quy định, đơn vị sẽ chủ động hơn trong các đợt quyết toán thuế, kiểm toán định kỳ, giảm thiểu tối đa rủi ro tranh chấp với đối tác do thiếu chứng từ đối chiếu. Đây cũng là nền tảng để xây dựng một hệ thống quản trị tài chính minh bạch và chuyên nghiệp.
Đây là lý do nhiều doanh nghiệp vừa và nhỏ lựa chọn giải pháp dịch vụ kế toán trọn gói của MAN – Master Accountant Network để được đội ngũ chuyên môn trực tiếp thiết lập, giám sát quy trình lưu trữ hóa đơn, chứng từ điện tử đúng theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Luật Kế toán 2015, thay vì tự mày mò và đối mặt với rủi ro sai sót.
Hướng dẫn thực hiện đúng cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254
Dựa trên các căn cứ pháp lý nêu trên, dưới đây là quy trình gợi ý để doanh nghiệp, kế toán viên triển khai lưu trữ hóa đơn điện tử đúng chuẩn.
Bước 1: Lựa chọn hình thức, phương tiện lưu trữ phù hợp
Doanh nghiệp cần đánh giá đặc thù hoạt động và khả năng ứng dụng công nghệ của đơn vị mình để lựa chọn hình thức lưu trữ phù hợp. có thể là hệ thống lưu trữ nội bộ, phần mềm kế toán tích hợp module lưu trữ, hoặc nền tảng lưu trữ dữ liệu chuyên dụng. Dù lựa chọn hình thức nào, điều kiện tiên quyết là phương tiện lưu trữ đó phải đáp ứng đầy đủ yêu cầu tại Điều 13 Luật Giao dịch điện tử như quy định tại khoản 2 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Với những đơn vị chưa có bộ phận kế toán chuyên trách hoặc muốn đảm bảo tuân thủ ngay từ đầu, việc thuê dịch vụ kế toán chuyên nghiệp cũng là một phương án đáng cân nhắc để được tư vấn hình thức lưu trữ phù hợp với quy mô và đặc thù hoạt động.
Bước 2: Thiết lập cơ chế đảm bảo toàn vẹn dữ liệu
Để đáp ứng yêu cầu về tính an toàn, bảo mật, toàn vẹn theo điểm a khoản 1 Điều 5, doanh nghiệp nên thiết lập cơ chế sao lưu dữ liệu định kỳ, phân quyền truy cập rõ ràng theo từng vị trí công việc, đồng thời kiểm soát chặt chẽ mọi thao tác chỉnh sửa (nếu có) trên hệ thống lưu trữ để đảm bảo hóa đơn không bị thay đổi, sai lệch trong suốt thời gian lưu trữ.
Bước 3: Đảm bảo khả năng tra cứu và in ấn khi có yêu cầu
Hệ thống lưu trữ cần được tổ chức khoa học, sắp xếp theo kỳ kế toán, loại chứng từ, đối tượng phát hành… để đảm bảo hóa đơn điện tử luôn sẵn sàng in ra giấy hoặc tra cứu được ngay khi cơ quan thuế hoặc bên liên quan có yêu cầu, đúng theo tinh thần khoản 2 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Bước 4: Rà soát thời hạn lưu trữ theo từng loại chứng từ
Cuối cùng, doanh nghiệp cần phân loại hóa đơn, chứng từ theo đúng ba mốc thời hạn đã nêu căn cứ theo khoản 5 Điều 41 Luật Kế toán 2015, tránh tình trạng hủy dữ liệu quá sớm hoặc lưu trữ thiếu thời hạn quy định, dẫn đến vi phạm khi bị kiểm tra.
Kết luận
Tóm lại, cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254 xoay quanh hai trụ cột chính: đảm bảo tính an toàn, toàn vẹn dữ liệu trong suốt thời gian lưu trữ, và tuân thủ đúng, đủ thời hạn lưu trữ theo pháp luật kế toán. Đồng thời, hóa đơn điện tử luôn phải ở trạng thái sẵn sàng in ra giấy hoặc tra cứu được bất cứ khi nào cơ quan có thẩm quyền yêu cầu.
Việc xây dựng một quy trình lưu trữ bài bản, tuân thủ đầy đủ các quy định nêu trên không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được rủi ro pháp lý mà còn là nền tảng cho một hệ thống quản trị tài chính – kế toán chuyên nghiệp, minh bạch và bền vững trong dài hạn.
Trường hợp doanh nghiệp cần một đội ngũ chuyên môn đồng hành trọn vẹn từ khâu lập, quản lý đến lưu trữ hóa đơn, chứng từ đúng quy định, doanh nghiệp có thể tham khảo báo giá dịch vụ kế toán trọn gói để lựa chọn gói dịch vụ phù hợp với quy mô doanh nghiệp mình.
Liên hệ MAN – Master Accountant Network để được hỗ trợ và tư vấn miễn phí!
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, Đường 43, Phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
- Google Business Profile: Xem Google Business Profile của MAN – Master Accountant Network
- LinkedIn Founder: Xem hồ sơ LinkedIn của chuyên gia Lê Hoàng Tuyên
Phụ trách sản xuất và kiểm duyệt nội dung chuyên môn bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network. Ông là Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm sâu sắc trong lĩnh vực Kế toán, Kiểm toán, Thuế và Tư vấn Pháp lý doanh nghiệp.
Câu hỏi thường gặp về cách lưu trữ hóa đơn điện tử theo Nghị định 254
Hóa đơn điện tử có bắt buộc in ra giấy để lưu trữ không?
Không bắt buộc. Theo khoản 2 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, hóa đơn điện tử được lưu trữ dưới dạng thông điệp dữ liệu, chỉ cần đảm bảo sẵn sàng in được ra giấy hoặc tra cứu được khi có yêu cầu, nghĩa là doanh nghiệp có thể lưu trữ hoàn toàn dưới dạng điện tử miễn là đáp ứng được khả năng in ấn hoặc tra cứu khi cần.
Nếu hóa đơn điện tử bị mất do sự cố kỹ thuật thì có vi phạm quy định lưu trữ không?
Việc để mất dữ liệu, không đảm bảo tính toàn vẹn, đầy đủ trong suốt thời gian lưu trữ là không đáp ứng yêu cầu tại điểm a khoản 1 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Doanh nghiệp có được tự lựa chọn hình thức lưu trữ hóa đơn điện tử không?
Có. Nghị định 254/2026/NĐ-CP cho phép cơ quan, tổ chức, cá nhân được quyền lựa chọn và áp dụng hình thức bảo quản, lưu trữ phù hợp với đặc thù hoạt động và khả năng ứng dụng công nghệ, với điều kiện phải đáp ứng đủ yêu cầu theo Điều 13 Luật Giao dịch điện tử.
Hóa đơn điện tử đã lưu trữ theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP trước đây có cần chuyển đổi lại theo Nghị định 254 không?
Đây là vấn đề chuyển tiếp giữa quy định cũ và mới mà doanh nghiệp cần rà soát kỹ theo hướng dẫn chuyển tiếp cụ thể của Nghị định 254/2026/NĐ-CP và văn bản hướng dẫn của cơ quan thuế, để đảm bảo dữ liệu lưu trữ trước ngày 01/7/2026 vẫn tiếp tục đáp ứng yêu cầu về tính toàn vẹn, khả năng tra cứu theo quy định mới.
Hóa đơn điện tử đã hết thời hạn lưu trữ theo quy định có được tiêu hủy không?
Khi hóa đơn, chứng từ đã lưu trữ đủ thời hạn tối thiểu theo khoản 5 Điều 41 Luật Kế toán 2015, đơn vị kế toán có thể thực hiện tiêu hủy theo trình tự, thủ tục quy định của pháp luật kế toán, đảm bảo có biên bản tiêu hủy đầy đủ để tránh rủi ro khi bị đối chiếu sau này.
