Từ khi Thông tư 91/2026/TT-BTC chính thức được ban hành, quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 đã có nhiều điểm mới so với trước đây, đặc biệt là việc bổ sung khâu đối chiếu dữ liệu dân cư và xác thực sinh trắc học. Đây là thay đổi mà bất kỳ doanh nghiệp, hộ kinh doanh hay cá nhân kinh doanh nào cũng cần nắm rõ trước khi thực hiện thủ tục đăng ký, bởi chỉ một sai lệch nhỏ về thông tin cũng có thể khiến hồ sơ bị từ chối hoặc kéo dài thời gian xử lý.
Là một người làm nghề Kế toán, chúng tôi hiểu rằng việc chậm trễ trong đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có thể ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động xuất hóa đơn, ghi nhận doanh thu và tuân thủ nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Vì vậy, bài viết dưới đây sẽ trình bày đầy đủ, chính xác quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91, dựa trên căn cứ pháp lý tại khoản 2 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC, giúp bạn chủ động chuẩn bị hồ sơ và tránh những rủi ro không đáng có trong quá trình thực hiện.
Căn cứ pháp lý về đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91
Quy định về đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 được nêu cụ thể tại khoản 2 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC. Theo đó, quy trình đăng ký áp dụng đối với người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và chủ doanh nghiệp tư nhân khi thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn.
Điểm đáng chú ý: Là ngay từ khâu tiếp nhận hồ sơ, Hệ thống thông tin quản lý thuế sẽ tự động đối chiếu thông tin của người đăng ký, bao gồm cả thông tin sinh trắc học theo quy định về định danh và xác thực điện tử của Chính phủ, với dữ liệu tại Hệ thống Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư hoặc dữ liệu tại Hệ thống định danh và xác thực điện tử. Đây chính là điểm khác biệt lớn nhất trong quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 so với giai đoạn trước, nhằm siết chặt việc xác thực danh tính người nộp thuế, hạn chế tình trạng sử dụng hóa đơn điện tử để gian lận thuế.
Quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 diễn ra như thế nào?
Để hiểu rõ cách thức thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91, kế toán doanh nghiệp cần nắm được trình tự các bước xử lý hồ sơ tại Hệ thống thông tin quản lý thuế như sau.
Trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đăng ký, Hệ thống thông tin quản lý thuế sẽ tự động đối chiếu thông tin về đăng ký doanh nghiệp, đăng ký thuế của người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân với dữ liệu tại Hệ thống Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư hoặc Hệ thống định danh và xác thực điện tử.
Đây là bước then chốt quyết định hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 có được xử lý thuận lợi hay không, bởi kết quả đối chiếu sẽ dẫn đến hai hướng xử lý hoàn toàn khác nhau.
Trường hợp thông tin không khớp đúng
Nếu kết quả đối chiếu cho thấy thông tin không khớp đúng, Hệ thống thông tin quản lý thuế sẽ tự động gửi Thông báo không chấp nhận đăng ký hóa đơn điện tử, đồng thời cung cấp cụ thể các trường thông tin không khớp đúng cho người nộp thuế. Thời hạn gửi thông báo này là ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo.
Khi nhận được thông báo, người nộp thuế có trách nhiệm điều chỉnh lại thông tin đã kê khai cho chính xác, sau đó thực hiện lại việc đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91. Do đó, kế toán nên rà soát kỹ thông tin đăng ký doanh nghiệp, đăng ký thuế của người đại diện trước khi nộp hồ sơ, nhằm tránh mất thời gian bổ sung, điều chỉnh nhiều lần.
Trường hợp thông tin khớp đúng, yêu cầu xác nhận qua email, số điện thoại
Ngược lại, nếu thông tin khớp đúng, Hệ thống thông tin quản lý thuế sẽ tự động gửi yêu cầu đề nghị người nộp thuế xác nhận thông qua địa chỉ thư điện tử hoặc số điện thoại của người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân, căn cứ theo thông tin đã kê khai trong hồ sơ đăng ký thuế, đăng ký doanh nghiệp.
Người nộp thuế có trách nhiệm trả lời xác nhận ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo. Trường hợp quá thời hạn nêu trên mà người nộp thuế chưa xác nhận hoặc xác nhận không thành công, Hệ thống thông tin quản lý thuế sẽ tự động gửi Thông báo về việc không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Mẫu số 01/TB-ĐKĐT tại Phụ lục IV kèm theo Thông tư 91/2026/TT-BTC, cũng trong khoảng thời gian ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo.
Ngoài ra, Thông tư 91/2026/TT-BTC cũng quy định cơ quan thuế được áp dụng công nghệ sinh trắc học trong việc đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử phù hợp với quy định pháp luật hiện hành, nhằm tăng cường tính xác thực và bảo mật cho toàn bộ quy trình.
Có thể thấy, việc theo dõi sát email và số điện thoại đăng ký với cơ quan thuế là yếu tố cực kỳ quan trọng trong quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91, bởi chỉ cần bỏ lỡ thời hạn xác nhận trong 1 – 2 ngày làm việc, hồ sơ có thể bị từ chối ngay lập tức.
Các trường hợp được chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91
Sau khi người nộp thuế đã xác nhận đúng thời hạn trên Hệ thống thông tin quản lý thuế, nếu người nộp thuế không thuộc các trường hợp có yếu tố rủi ro theo quy định tại Điều 7 Thông tư 91/2026/TT-BTC (sẽ được trình bày chi tiết ở phần sau), thì chậm nhất ngày làm việc tiếp theo, cơ quan thuế sẽ ban hành Thông báo chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định tại khoản 3 Thông tư 91/2026/TT-BTC.
Nói cách khác, nếu hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 đáp ứng đồng thời hai điều kiện: thông tin đối chiếu khớp đúng và người nộp thuế xác nhận đúng hạn, đồng thời không thuộc nhóm đối tượng rủi ro, thì thời gian xử lý toàn bộ quy trình có thể chỉ mất khoảng 2 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ. Đây là điều kiện lý tưởng mà mọi doanh nghiệp, hộ kinh doanh nên hướng tới khi chuẩn bị hồ sơ đăng ký.
Các trường hợp bị yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin khi đăng ký hóa đơn điện tử
Không phải mọi hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 đều được xử lý theo hướng thuận lợi như trên. Trong một số trường hợp, dù kết quả đối chiếu thông tin khớp đúng và người nộp thuế đã xác nhận đúng thời hạn, hồ sơ vẫn có thể bị yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin nếu thuộc nhóm đối tượng có rủi ro.
Nhóm đối tượng có rủi ro theo Điều 7 Thông tư 91/2026/TT-BTC
Theo quy định, các trường hợp sau đây được xác định là có rủi ro cao trong đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91:
- Người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân đăng ký sử dụng hóa đơn hiện đang đồng thời là người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân của một tổ chức, cá nhân khác mà tổ chức, cá nhân đó có trạng thái mã số thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh;
- Người nộp thuế đã ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế;
- Người nộp thuế đang tạm ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế;
- Người nộp thuế có hành vi vi phạm về thuế, hóa đơn, chứng từ.
Đây là những trường hợp mà kế toán doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý, nhất là khi người đại diện pháp luật đứng tên tại nhiều đơn vị kinh doanh khác nhau. Việc rà soát tình trạng mã số thuế của các đơn vị liên quan trước khi nộp hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 sẽ giúp hạn chế tối đa nguy cơ bị xếp vào nhóm rủi ro.
Quy trình xử lý khi hồ sơ thuộc diện rủi ro
Trường hợp kết quả đối chiếu thông tin khớp đúng, người nộp thuế đã xác nhận đúng thời hạn nhưng lại thuộc một trong các nhóm rủi ro nêu trên, thì trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, cơ quan thuế sẽ thực hiện một trong hai cách xử lý:
- Ban hành Thông báo về việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo Mẫu số 01/TB-BSTT-NNT tại Phụ lục IV kèm theo Thông tư 91/2026/TT-BTC gửi cho người nộp thuế; hoặc
- Cơ quan thuế quản lý trực tiếp thực hiện xác minh hoạt động thực tế tại địa chỉ đã đăng ký của người nộp thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Sau khi nhận được Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, người nộp thuế có thời hạn 03 ngày làm việc để thực hiện giải trình và bổ sung đầy đủ hồ sơ, tài liệu theo yêu cầu.
Kết quả xử lý sau khi giải trình, bổ sung thông tin
Sau khi người nộp thuế hoàn tất việc giải trình, bổ sung thông tin hoặc sau khi cơ quan thuế tiến hành xác minh thực tế, kết quả xử lý hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 sẽ theo một trong hai hướng dưới đây.
Trường hợp được chấp nhận đăng ký
Nếu cơ quan thuế chấp nhận thông tin giải trình, bổ sung của người nộp thuế, hoặc kết quả xác minh cho thấy người nộp thuế thực sự có hoạt động tại địa chỉ đăng ký, thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp sẽ ban hành Thông báo chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử cho người nộp thuế.
Trường hợp không được chấp nhận đăng ký
Ngược lại, nếu người nộp thuế không thực hiện giải trình, hoặc quá thời hạn quy định mà không giải trình được thông tin, hoặc kết quả xác minh cho thấy người nộp thuế không có hoạt động tại địa chỉ đăng ký, thì chậm nhất ngày làm việc tiếp theo, cơ quan thuế sẽ ban hành Thông báo về việc không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, đồng thời ghi rõ lý do từ chối theo quy định tại khoản 3 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC.
Như vậy, có thể thấy toàn bộ quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 được xây dựng theo hướng minh bạch, có thời hạn xử lý cụ thể cho từng bước, nhưng đồng thời cũng đặt ra yêu cầu khá cao đối với người nộp thuế trong việc đảm bảo thông tin chính xác và phản hồi đúng hạn.
Xem thêm: Điểm mới Thông tư 91/2026/TT-BTC về chứng từ, hóa đơn điện tử.
Vì sao doanh nghiệp cần nắm rõ quy định đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91?
Việc hiểu đúng và đầy đủ quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 mang lại nhiều lợi ích thiết thực cho doanh nghiệp, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh:
- Tránh gián đoạn hoạt động xuất hóa đơn: Hồ sơ bị từ chối đồng nghĩa với việc doanh nghiệp chưa thể sử dụng hóa đơn điện tử để xuất cho khách hàng, ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động kinh doanh và dòng tiền.
- Giảm thiểu rủi ro bị xếp vào nhóm rủi ro cao: Khi nắm rõ các tiêu chí tại Thông tư 91/2026/TT-BTC, kế toán có thể chủ động rà soát tình trạng mã số thuế của người đại diện trước khi nộp hồ sơ.
- Chủ động chuẩn bị hồ sơ, thông tin đăng ký chính xác ngay từ đầu: Việc đảm bảo thông tin đăng ký thuế, đăng ký doanh nghiệp trùng khớp với dữ liệu dân cư sẽ giúp hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 được xử lý nhanh chóng ngay từ vòng đối chiếu đầu tiên.
- Đảm bảo tuân thủ đúng thời hạn phản hồi: Vì các mốc thời gian xác nhận, giải trình đều rất ngắn (trong ngày, ngày làm việc tiếp theo, hoặc 03 ngày làm việc), doanh nghiệp cần có quy trình nội bộ theo dõi email, điện thoại đăng ký để không bỏ lỡ bất kỳ thông báo nào từ cơ quan thuế.
Tham khảo: Cách xử lý hóa đơn sai sót theo Thông tư 91/2026.
Những lưu ý quan trọng khi thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử
Để quá trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 diễn ra thuận lợi, kế toán và người đại diện doanh nghiệp nên lưu ý một số điểm sau:
- Kiểm tra kỹ thông tin đăng ký thuế, đăng ký doanh nghiệp của người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân, đảm bảo trùng khớp với dữ liệu tại Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư trước khi nộp hồ sơ.
- Thường xuyên theo dõi địa chỉ thư điện tử và số điện thoại đã đăng ký với cơ quan thuế để không bỏ lỡ yêu cầu xác nhận từ Hệ thống thông tin quản lý thuế.
- Chuẩn bị sẵn các tài liệu chứng minh hoạt động thực tế tại địa chỉ kinh doanh, phòng trường hợp cơ quan thuế tiến hành xác minh hoặc yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin.
- Rà soát tình trạng mã số thuế của các doanh nghiệp, hộ kinh doanh khác mà người đại diện pháp luật đang đứng tên, nhằm tránh bị xếp vào nhóm đối tượng có rủi ro cao theo Điều 7 Thông tư 91/2026/TT-BTC.
- Nắm rõ các mốc thời hạn xử lý hồ sơ để chủ động bố trí nhân lực phụ trách theo dõi hồ sơ trong suốt quá trình đăng ký.
Nếu trong quá trình thực hiện, doanh nghiệp gặp vướng mắc về hồ sơ, thông tin đăng ký hoặc cần rà soát tình trạng mã số thuế liên quan, nên chủ động liên hệ với bộ phận kế toán nội bộ hoặc thuê dịch vụ kế toán từ các đơn vị chuyên nghiệp như MAN – Master Accountant Network để được rà soát, hỗ trợ kịp thời, tránh ảnh hưởng đến tiến độ sử dụng hóa đơn điện tử trong hoạt động kinh doanh.
Kết luận và khuyến nghị
Tóm lại, quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 được thực hiện qua nhiều bước chặt chẽ từ đối chiếu thông tin tự động, yêu cầu xác nhận qua email hoặc số điện thoại, đến việc phân loại hồ sơ theo mức độ rủi ro và xử lý giải trình, bổ sung thông tin khi cần thiết. Mỗi bước đều gắn với thời hạn xử lý cụ thể theo khoản 2 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC, đòi hỏi doanh nghiệp, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh phải chủ động, sát sao trong việc theo dõi và phản hồi hồ sơ.
Việc chuẩn bị kỹ lưỡng thông tin đăng ký ngay từ đầu, đồng thời hiểu rõ các trường hợp có thể bị đưa vào diện rủi ro, sẽ giúp doanh nghiệp tiết kiệm đáng kể thời gian và công sức khi thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91. Đối với các doanh nghiệp, hộ kinh doanh chưa có bộ phận kế toán chuyên trách hoặc muốn tối ưu chi phí vận hành, việc lựa chọn dịch vụ kế toán trọn gói cũng là giải pháp đáng cân nhắc. Chúng tôi đồng hành xử lý toàn bộ hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91, từ khâu chuẩn bị, rà soát thông tin đến theo dõi tiến độ xử lý tại cơ quan thuế, giúp doanh nghiệp yên tâm tập trung vào hoạt động kinh doanh cốt lõi.
Nếu trong quá trình thực hiện, doanh nghiệp gặp vướng mắc về hồ sơ, thông tin đăng ký hoặc cần rà soát tình trạng mã số thuế liên quan, nên chủ động liên hệ MAN – Master Accountant Network để được tư vấn và hỗ trợ kịp thời.
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, Đường 43, Phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
- Google Business Profile: Xem Google Business Profile của MAN – Master Accountant Network
- LinkedIn Founder: Xem hồ sơ LinkedIn của chuyên gia Lê Hoàng Tuyên
Phụ trách sản xuất và kiểm duyệt nội dung chuyên môn bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network. Ông là Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm sâu sắc trong lĩnh vực Kế toán, Kiểm toán, Thuế và Tư vấn Pháp lý doanh nghiệp.
Câu hỏi thường gặp về đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91
Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91 mất bao lâu?
Nếu tất cả thông tin khớp đúng, thời gian xử lý có thể chỉ mất khoảng 2 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đăng ký. Trường hợp thuộc diện giải trình, bổ sung thông tin, thời gian có thể kéo dài thêm tối đa 03 ngày làm việc theo thời hạn giải trình.
Nếu thông tin đăng ký không khớp với dữ liệu dân cư thì xử lý thế nào?
Hệ thống thông tin quản lý thuế sẽ tự động gửi Thông báo không chấp nhận đăng ký hóa đơn điện tử và chỉ rõ các trường thông tin không khớp đúng để người nộp thuế điều chỉnh lại.
Không xác nhận đăng ký đúng hạn có bị từ chối không?
Có. Nếu quá thời hạn mà người nộp thuế chưa xác nhận hoặc xác nhận không thành công, hệ thống sẽ tự động gửi Thông báo không chấp nhận đăng ký theo Mẫu số 01/TB-ĐKĐT.
Những đối tượng nào được coi là có rủi ro cao khi đăng ký hóa đơn điện tử?
Bao gồm người đại diện đồng thời đứng tên tại đơn vị có mã số thuế không hoạt động; người nộp thuế đã ngừng hoạt động nhưng chưa chấm dứt hiệu lực mã số thuế; người tạm ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế; và người có hành vi vi phạm về thuế, hóa đơn, chứng từ theo Điều 7 Thông tư 91/2026/TT-BTC.
Thời hạn giải trình bổ sung thông tin khi bị yêu cầu là bao lâu?
Người nộp thuế có 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được Thông báo về việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu để thực hiện phản hồi với cơ quan thuế.
