Quy trình kế toán doanh nghiệp mới thành lập không chỉ là thủ tục bắt buộc, mà là nền tảng quyết định khả năng kiểm soát chi phí, tuân thủ pháp luật và tối ưu thuế ngay từ năm đầu hoạt động. Trong bối cảnh chính sách thuế và hóa đơn điện tử liên tục cập nhật năm 2026, nhiều startup không nắm chắc luật định rất dễ rơi vào rủi ro bị truy thu, xử phạt chỉ vì triển khai kế toán sai ngay từ bước đầu. Dựa trên hệ thống văn bản pháp luật hiện hành và kinh nghiệm tư vấn thực tế cho doanh nghiệp mới thành lập, bài viết này sẽ hướng dẫn chi tiết quy trình kế toán doanh nghiệp mới thành lập cặn kẽ, giúp startup vận hành đúng luật, minh bạch tài chính và phát triển bền vững.
Giai đoạn 1: Thiết lập nền tảng và công cụ kế toán ban đầu
Đây là bước đi đầu tiên và quan trọng nhất trong quy trình kế toán doanh nghiệp mới thành lập.
Chữ ký số và Hóa đơn điện tử
Trong bối cảnh chuyển đổi số toàn diện trong quản lý thuế và giao dịch hành chính, việc hiểu đúng bản chất pháp lý, giá trị sử dụng và vai trò của chữ ký số là yêu cầu bắt buộc khi triển khai quy trình kế toán doanh nghiệp mới thành lập. Cụ thể:
- Căn cứ pháp lý: Theo Khoản 6 Điều 3 Luật Giao dịch điện tử 2023, chữ ký số là chữ ký điện tử sử dụng thuật toán khóa không đối xứng để xác nhận danh tính người ký và đảm bảo tính nguyên vẹn của thông điệp dữ liệu.
- Giá trị pháp lý: Hướng dẫn tại Nghị định 23/2025/NĐ-CP quy định rõ Chữ ký số của người đại diện theo pháp luật hoặc người được ủy quyền có giá trị pháp lý tương đương với con dấu và chữ ký tay của doanh nghiệp trong các giao dịch dân sự, kinh tế và hành chính.
- Vai trò: Đây là công cụ bắt buộc để thực hiện nghĩa vụ thuế điện tử, bao gồm ký tờ khai thuế, ký hóa đơn và thực hiện các giao dịch bảo hiểm xã hội, hải quan trực tuyến.
Hóa đơn điện tử (HĐĐT):
- Nghĩa vụ sử dụng: Căn cứ Điều 91 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, doanh nghiệp khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ phải lập hóa đơn điện tử để giao cho người mua, không phân biệt giá trị từng lần bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.
- Quy trình đăng ký: Theo Điều 15 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp thực hiện đăng ký sử dụng HĐĐT thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử bằng cách lập Tờ khai đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Mẫu số 01/ĐKT-HĐĐT. Cơ quan thuế sẽ gửi thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận trong vòng 01 ngày làm việc kể từ khi nhận được tờ khai.
- Phân loại: Doanh nghiệp mới thành lập thường thuộc đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế để đảm bảo tính minh bạch tối đa.
Lưu ý: Đối với các ngành dịch vụ (ăn uống, bán lẻ), bắt buộc áp dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền theo quy định tại Thông tư 78/2021/TT-BTC nhằm kiểm soát doanh thu thực tế và bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng.
Cập nhật tài khoản ngân hàng vào thông tin đăng ký doanh nghiệp
Mặc dù Luật Doanh nghiệp 2014 không đặt ra yêu cầu bắt buộc doanh nghiệp phải mở tài khoản ngân hàng ngay tại thời điểm thành lập, nhưng trên thực tế, tài khoản ngân hàng lại giữ vai trò quan trọng trong suốt quá trình hoạt động. Việc sở hữu tài khoản riêng giúp doanh nghiệp thuận tiện trong thanh toán, minh bạch dòng tiền và đáp ứng điều kiện đối với các giao dịch có giá trị lớn, đặc biệt là các khoản thanh toán từ 20 triệu đồng trở lên theo quy định của pháp luật thuế.
Doanh nghiệp có thể liên hệ bất kỳ ngân hàng thương mại nào để mở tài khoản thanh toán của mình (tài khoản đứng tên doanh nghiệp). Khi đến mở tài khoản, doanh nghiệp cần mang theo những giấy tờ sau đây:
- Bản sao có chứng thực Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp;
- Bản sao có chứng thực các giấy tờ chứng minh tư cách người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp (ví như: quyết định bổ nhiệm, điều lệ của công ty,…);
- Bản sao có chứng thực Quyết định bổ nhiệm Kế toán trưởng hoặc Quyết định bổ nhiệm Người phụ trách kế toán;
- Bản sao có chứng thực Thẻ căn cước công dân hoặc Giấy chứng minh nhân dân hoặc Hộ chiếu còn thời hạn của: Người đại diện theo pháp luật, Kế toán trưởng hoặc Người phụ trách kế toán của doanh nghiệp.
- Giấy ủy quyền thực hiện thủ tục nếu không phải là người đại diện theo pháp luật trực tiếp đến mở tài khoản.
Trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày có tài khoản, doanh nghiệp phải thực hiện thông báo thông tin tài khoản ngân hàng với Phòng Đăng ký kinh doanh – Sở Kế hoạch và Đầu tư nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính.
Việc thông báo có thể được thực hiện theo một trong 02 phương thức: Nộp trực tiếp tại Phòng Đăng ký kinh doanh hoặc nộp trực tuyến tại Cổng thông tin điện tử quốc gia về Đăng ký doanh nghiệp (dangkykinhdoanh.gov.vn).
Khai thuế ban đầu và lệ phí môn bài
Ngay sau khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, việc thực hiện khai thuế ban đầu và xác định nghĩa vụ lệ phí môn bài là bước bắt buộc nhằm đảm bảo doanh nghiệp hoạt động đúng quy định pháp luật thuế, đồng thời tránh các rủi ro xử phạt ngay trong năm đầu thành lập. Cụ thể:
- Miễn lệ phí năm đầu: Theo Khoản 1 Điều 1 Nghị định 22/2020/NĐ-CP sửa đổi bổ sung Nghị định 139/2016/NĐ-CP, doanh nghiệp mới thành lập được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu tiên thành lập (từ ngày 01 tháng 01 đến ngày 31 tháng 12).
- Thời hạn nộp tờ khai: Căn cứ Khoản 1 Điều 10 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, người nộp thuế mới thành lập phải nộp tờ khai lệ phí môn bài chậm nhất là ngày 30 tháng 01 năm sau năm thành lập hoặc bắt đầu hoạt động sản xuất, kinh doanh.
Sau khi hoàn tất giai đoạn thiết lập nền tảng pháp lý và công cụ kế toán ban đầu, doanh nghiệp cần tiếp tục chuyển sang giai đoạn quan trọng không kém chính là lựa chọn chế độ kế toán phù hợp và xây dựng hệ thống sổ sách kế toán ngay từ đầu, nhằm đảm bảo việc ghi nhận, theo dõi và báo cáo tài chính được thực hiện thống nhất, đúng quy định pháp luật.
Giai đoạn 2: Lựa chọn chế độ kế toán và xây dựng hệ thống sổ sách
Doanh nghiệp phải thực hiện thông báo hoặc tự áp dụng chế độ kế toán phù hợp ngay từ kỳ kế toán đầu tiên. Việc lựa chọn này ảnh hưởng trực tiếp đến hệ thống tài khoản và mẫu biểu báo cáo tài chính.
- Thông tư 200/2014/TT-BTC: Áp dụng cho mọi loại hình doanh nghiệp. Đây là chế độ kế toán đầy đủ nhất, yêu cầu hạch toán chi tiết các tài khoản loại 6 (621, 622, 627) để tính giá thành và bắt buộc lập đầy đủ bộ BCTC gồm 4 biểu mẫu chính. Doanh nghiệp lớn hoặc có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) thường ưu tiên lựa chọn này để đảm bảo tính đồng bộ quốc tế.
- Thông tư 133/2016/TT-BTC: Dành riêng cho doanh nghiệp nhỏ và vừa (SMEs) theo tiêu chuẩn tại Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa số 04/2017/QH14. Chế độ này tối giản hơn bằng cách bỏ bớt các tài khoản tập hợp chi phí trung gian (dùng trực tiếp TK 154), mẫu biểu BCTC linh hoạt hơn, phù hợp với năng lực nhân sự của các startup.
- Thông tư 99/2025/TT-BTC: Đây là văn bản mới nhất hướng dẫn về việc áp dụng kế toán số cho các doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo. Thông tư này cho phép doanh nghiệp ghi sổ dựa trên các bằng chứng giao dịch điện tử được trích xuất trực tiếp từ hệ thống phần mềm mà không nhất thiết phải in ấn chứng từ giấy truyền thống, đồng thời cập nhật các tài khoản mới liên quan đến tài sản trí tuệ và các khoản đầu tư rủi ro.
Xây dựng Hệ thống Chứng từ và Hình thức sổ kế toán
Căn cứ Điều 26 Luật Kế toán 2015, doanh nghiệp có quyền tự lựa chọn hình thức sổ kế toán phù hợp với đặc thù sản xuất kinh doanh và trình độ ứng dụng công nghệ của chính doanh nghiệp.
- Nguyên tắc xây dựng chứng từ: Theo Điều 16 Luật Kế toán, chứng từ kế toán là căn cứ pháp lý duy nhất để ghi sổ. Với doanh nghiệp mới, cần thiết lập ngay quy trình luân chuyển chứng từ: Từ khâu đề nghị thanh toán, phê duyệt, lập phiếu (thu, chi, nhập và xuất), ký duyệt đến ghi sổ. Từ năm 2026, kỷ nguyên chuyển đổi số khuyến khích sử dụng chứng từ điện tử có ký số để đảm bảo tính an toàn và minh bạch.
Các hình thức sổ phổ biến:
- Nhật ký chung: Phổ biến nhất, dễ áp dụng trên phần mềm kế toán. Mọi nghiệp vụ phát sinh được ghi chép theo trình tự thời gian, sau đó mới kết chuyển vào Sổ cái.
- Nhật ký – Sổ cái: Phù hợp với DN có quy mô cực nhỏ, ít nghiệp vụ, giúp theo dõi biến động tài khoản ngay trên một dòng nhật ký.
Hệ thống sổ sách phải đảm bảo tính liên tục, không được tẩy xóa (nếu là sổ giấy) hoặc phải có vết lưu lịch sử chỉnh sửa (nếu là sổ điện tử) để phục vụ công tác thanh kiểm tra của cơ quan Thuế theo Điều 27 Luật Kế toán 2015.
Giai đoạn 3: Quy trình nghiệp vụ hàng tháng và quý
Sau khi hoàn thiện nền tảng pháp lý và hệ thống sổ sách kế toán, doanh nghiệp bước vào giai đoạn vận hành kế toán định kỳ. Đây là giai đoạn phát sinh nghĩa vụ kê khai thuế, quản lý lao động và theo dõi kết quả kinh doanh thường xuyên, đòi hỏi kế toán phải thực hiện đúng quy trình, đúng kỳ hạn để hạn chế rủi ro truy thu và xử phạt hành chính. Cụ thể, giai đoạn này bao gồm các nội dung sau:
Kê khai Thuế Giá trị gia tăng (GTGT)
Kê khai Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) là một trong những nghĩa vụ thuế trọng tâm trong quy trình kế toán doanh nghiệp mới thành lập, yêu cầu doanh nghiệp xác định đúng kỳ kê khai, phương pháp tính thuế và tuân thủ đầy đủ các quy định hiện hành để tránh rủi ro truy thu, xử phạt. Cụ thể:
- Kỳ kê khai: Doanh nghiệp mới thành lập thực hiện kê khai thuế GTGT theo quý theo quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều 9 Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Sau khi sản xuất kinh doanh đủ 12 tháng, doanh nghiệp mới xem xét chuyển sang kê khai theo tháng nếu doanh thu đạt ngưỡng quy định.
- Phương pháp tính: Lựa chọn phương pháp khấu trừ (Điều 10 Luật Thuế GTGT) hoặc phương pháp trực tiếp (Điều 11 Luật Thuế GTGT).
Xem chi tiết: Hướng dẫn kê khai thuế GTGT.
Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) và Bảo hiểm
Song song với nghĩa vụ thuế đối với Nhà nước, doanh nghiệp mới thành lập cần đặc biệt lưu ý đến các khoản thuế và nghĩa vụ bắt buộc liên quan trực tiếp đến người lao động, bao gồm thuế thu nhập cá nhân và các khoản bảo hiểm theo quy định hiện hành. Cụ thể:
- Đăng ký mã số thuế người lao động: Căn cứ Điều 33 Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp có trách nhiệm đăng ký MST cho người lao động.
- Trích đóng Bảo hiểm: Theo Luật Bảo hiểm xã hội 2014 (và các văn bản cập nhật 2025), doanh nghiệp thực hiện trích đóng các quỹ: BHXH (17.5%), BHYT (3%), BHTN (1%) trên mức lương đóng bảo hiểm của nhân viên.
Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) tạm tính
Nghĩa vụ tạm nộp: Theo Khoản 3 Điều 1 Nghị định 91/2022/NĐ-CP (sửa đổi Nghị định 126/2020/NĐ-CP), tổng số thuế TNDN đã tạm nộp của 04 quý không được thấp hơn 80% số thuế TNDN phải nộp theo quyết toán năm. Nếu nộp thiếu, doanh nghiệp phải nộp tiền chậm nộp tính trên số thuế nộp thiếu.
Giai đoạn 4: Báo cáo tài chính và Quyết toán thuế cuối năm
Báo cáo tài chính và quyết toán thuế cuối năm là giai đoạn tổng hợp toàn bộ hoạt động kế toán – thuế của doanh nghiệp trong năm tài chính, đồng thời là căn cứ để cơ quan thuế đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật. Việc nắm rõ thời hạn, thành phần hồ sơ và yêu cầu lập báo cáo theo đúng quy định sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro truy thu, xử phạt và đảm bảo tính minh bạch tài chính. Cụ thể, doanh nghiệp cần lưu ý các nội dung sau:
Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán
Căn cứ Điểm a Khoản 2 Điều 44 Luật Quản lý thuế 2019, thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế năm như sau:
- Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính đối với hồ sơ quyết toán thuế năm. (Thông thường là ngày 31/03).
Hồ sơ Báo cáo tài chính
Phải tuân thủ chuẩn mực kế toán Việt Nam (VAS) và các quy định tại Điều 29 Luật Kế toán 2015, bao gồm: Bảng cân đối kế toán, Báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh, Báo cáo lưu chuyển tiền tệ và Thuyết minh báo cáo tài chính.
Rủi ro và Xử phạt vi phạm hành chính
Kế toán cần nắm rõ Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định về xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn:
- Chậm nộp hồ sơ khai thuế: Phạt từ 2.000.000 VNĐ đến 25.000.000 VNĐ tùy thời gian chậm nộp (Điều 13).
- Vi phạm về vốn góp: Căn cứ Điều 47 Luật Doanh nghiệp 2020, thành viên phải góp vốn đủ và đúng loại tài sản đã cam kết trong vòng 90 ngày kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Nếu không góp đủ, chi phí lãi vay tương ứng với phần vốn góp thiếu sẽ bị loại khi tính thuế TNDN theo Thông tư 96/2015/TT-BTC.
Kết luận
Xây dựng đúng quy trình kế toán doanh nghiệp mới thành lập ngay từ đầu không chỉ giúp startup tuân thủ đầy đủ quy định pháp luật, mà còn tạo nền tảng kiểm soát tài chính, tối ưu chi phí thuế và hạn chế tối đa rủi ro trong các kỳ thanh tra, quyết toán sau này. Trong bối cảnh chính sách thuế và chế độ kế toán liên tục cập nhật, việc chủ động rà soát, chuẩn hóa sổ sách theo đúng lộ trình là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp vận hành ổn định và phát triển bền vững.
Nếu bạn đang trong giai đoạn khởi nghiệp và chưa tự tin triển khai hệ thống kế toán – thuế bài bản, việc tham khảo ý kiến từ MAN – Master Accountant Network với đội ngũ chuyên gia kế toán – thuế chuyên môn sâu sẽ giúp bạn tiết kiệm thời gian, chi phí và tránh những sai sót không đáng có. Một quy trình kế toán được thiết kế đúng ngay từ năm đầu tiên chính là bước chuẩn bị quan trọng để doanh nghiệp sẵn sàng gọi vốn, mở rộng hoạt động và gia tăng uy tín trên thị trường.
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.
Câu hỏi thường gặp (FAQ) về quy trình kế toán doanh nghiệp mới thành lập
Doanh nghiệp mới thành lập có bắt buộc phải thuê kế toán ngay không?
Không bắt buộc phải tuyển kế toán nội bộ ngay từ đầu. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai thuế, lập sổ sách và báo cáo tài chính theo quy định. Với startup quy mô nhỏ, việc sử dụng dịch vụ kế toán trọn gói thường là giải pháp tối ưu chi phí và giảm rủi ro sai sót pháp lý.
Năm đầu chưa phát sinh doanh thu có phải nộp báo cáo tài chính và quyết toán thuế không?
Có. Dù chưa có doanh thu, doanh nghiệp mới thành lập vẫn phải lập và nộp báo cáo tài chính năm, quyết toán thuế TNDN, TNCN (nếu có) đúng thời hạn. Việc không phát sinh doanh thu không đồng nghĩa với việc được miễn nghĩa vụ báo cáo.
Doanh nghiệp mới thành lập nên chọn kê khai thuế GTGT theo phương pháp nào?
Phần lớn startup nên áp dụng phương pháp khấu trừ để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đặc biệt khi có nhiều chi phí đầu tư ban đầu. Phương pháp trực tiếp chỉ phù hợp với doanh nghiệp nhỏ, ít hóa đơn đầu vào hoặc hoạt động đặc thù.
Chi phí nào của startup dễ bị loại khi quyết toán thuế TNDN?
Các khoản chi không có hóa đơn hợp pháp, thanh toán tiền mặt vượt ngưỡng quy định, chi phí không phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh, hoặc chi phí lãi vay tương ứng với phần vốn góp chưa đủ theo cam kết đều có nguy cơ bị loại khi quyết toán.
Không góp đủ vốn điều lệ đúng hạn có ảnh hưởng gì đến kế toán và thuế?
Có ảnh hưởng trực tiếp. Nếu không góp đủ vốn trong 90 ngày, doanh nghiệp phải điều chỉnh vốn điều lệ và phần chi phí lãi vay tương ứng với phần vốn góp thiếu sẽ không được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.
Các dịch vụ khác
- Kiểm toán: Dịch vụ Kiểm Toán, Dịch vụ Kiểm toán xây dựng, Dịch vụ kiểm toán BCTC
- Kế toán và Thuế: Dịch vụ kế toán thuế, Báo cáo thuế, Tư vấn Chuyển giá. Dịch Vụ Kế Toán Thuế, Dịch vụ báo cáo thuế, Dịch vụ Chuyển Giá, Dịch Vụ Giao Dịch Liên Kết
- Pháp lý: Dịch vụ giấy phép lao động, Dịch vụ chứng nhận đăng ký kinh doanh, Giấy Chứng Nhận Đầu Tư
- Khác: Dịch vụ Chuyển Giá, Dịch Vụ Giao Dịch Liên Kết, Dịch vụ Tư vấn Hoạt động Doanh nghiệp
Ban biên tập MAN – Master Accountant Network
