Trong kỷ nguyên số 2026, thu thập và phân loại chứng từ gốc không còn là nghiệp vụ hành chính, mà đã trở thành trụ cột quản trị rủi ro tài chính và tuân thủ thuế của doanh nghiệp. Dưới tác động của Thông tư 99/2025/TT-BTC và hệ thống hóa đơn điện tử toàn diện, mọi sai sót trong chứng từ gốc đều có thể dẫn đến loại chi phí, truy thu thuế và xử phạt kế toán. Bài viết này, dưới góc nhìn của một Kế toán trưởng với 30 năm kinh nghiệm, sẽ phân tích chuyên sâu chiến lược thu thập và phân loại chứng từ gốc năm 2026, ừ kiểm soát ngay tại điểm phát sinh, phân loại khoa học theo chuẩn dữ liệu số, đến xây dựng “lá chắn pháp lý” vững chắc trước mỗi kỳ thanh tra, quyết toán thuế.
Chứng từ gốc là gì?
Chứng từ gốc là bằng chứng kế toán ban đầu phản ánh một nghiệp vụ kinh tế – tài chính đã phát sinh và hoàn thành, được lập ngay tại thời điểm nghiệp vụ xảy ra, làm căn cứ pháp lý trực tiếp để ghi sổ kế toán và quyết toán thuế.
Đặc điểm cốt lõi của Chứng từ gốc
Một chứng từ được coi là chứng từ gốc hợp lệ phải đảm bảo:
- Phát sinh đầu tiên khi nghiệp vụ xảy ra
- Phản ánh trung thực nội dung, giá trị, đối tượng giao dịch
- Có đầy đủ yếu tố pháp lý (ngày tháng, chữ ký/chữ ký số, mã thuế, nội dung…)
- Là căn cứ trực tiếp để lập chứng từ ghi sổ
Tầm quan trọng của Hồ sơ gốc trong năm 2026
Theo Luật Kế toán 2015 và các hướng dẫn mới nhất tại Thông tư 99/2025/TT-BTC, chứng từ kế toán là những giấy tờ và vật mang tin phản ánh nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh và đã hoàn thành, làm căn cứ ghi sổ kế toán. Trong đó, chứng từ gốc là bằng chứng pháp lý đầu tiên, chưa qua tổng hợp hay biến đổi dữ liệu.
Tại sao năm 2026, việc thu thập và phân loại chứng từ gốc lại trở nên sống còn? Đó là bởi sự phổ cập hoàn toàn của hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền và các chứng từ số có gắn mã định danh. Việc quản trị không còn là “nhặt hóa đơn giấy” mà là quản trị tính toàn vẹn của dữ liệu số.
Rất nhiều kế toán viên hiện nay vẫn mắc lỗi thu thập chứng từ rời rạc, dẫn đến tình trạng “hóa đơn có nhưng nghiệp vụ không thật”, hoặc chứng từ bị sai thời điểm (back-date). Đây chính là kẽ hở lớn nhất khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế.
Thu thập chứng từ gốc: Nghệ thuật kiểm soát từ “Cửa ngõ”
Đây là bước khởi đầu quyết định chất lượng của toàn bộ hệ thống sổ sách. Một quy trình thu thập và phân loại chứng từ gốc chuẩn chỉnh phải bắt đầu ngay từ khi nghiệp vụ kinh tế phát sinh.
Phân biệt Chứng từ gốc và Chứng từ ghi sổ
Để tránh nhầm lẫn trong quá trình thu thập, phân loại và hạch toán, kế toán cần phân biệt rõ chứng từ gốc và chứng từ ghi sổ. Trên thực tế, rất nhiều sai sót khi quyết toán thuế xuất phát từ việc doanh nghiệp có đầy đủ chứng từ ghi sổ nhưng lại thiếu hoặc sai chứng từ gốc hợp lệ, dẫn đến chi phí không được chấp nhận. Bảng dưới đây sẽ giúp làm rõ sự khác biệt cốt lõi giữa hai loại chứng từ này về bản chất pháp lý, thời điểm lập và vai trò trong hệ thống kế toán.
| Tiêu chí | Chứng từ gốc | Chứng từ ghi sổ |
| Bản chất | Bằng chứng pháp lý ban đầu | Công cụ hạch toán |
| Thời điểm lập | Khi nghiệp vụ phát sinh | Sau khi có Chứng từ gốc |
| Giá trị pháp lý | Cao nhất | Phụ thuộc Chứng từ gốc |
| Ví dụ | Hóa đơn, phiếu nhập kho | Phiếu kế toán, Chứng từ ghi sổ |
Chứng từ gốc giữ vai trò nền tảng và có giá trị pháp lý cao nhất trong toàn bộ hệ thống kế toán, trong khi chứng từ ghi sổ chỉ là công cụ phục vụ cho việc hạch toán và tổng hợp số liệu. Mọi sai sót hoặc thiếu hụt ở chứng từ gốc đều không thể được “bù đắp” bằng chứng từ ghi sổ, dù sổ sách có đầy đủ đến đâu. Do đó, doanh nghiệp cần ưu tiên kiểm soát chặt chẽ khâu thu thập và phân loại chứng từ gốc ngay từ thời điểm nghiệp vụ phát sinh để bảo vệ tính hợp lệ của chi phí và giảm thiểu rủi ro khi thanh tra, quyết toán thuế.
Ví dụ các loại chứng từ gốc:
- Hóa đơn điện tử (XML là bản gốc pháp lý)
- Phiếu thu, phiếu chi
- Phiếu nhập kho, phiếu xuất kho
- Biên bản giao nhận, nghiệm thu
- Hợp đồng kinh tế, phụ lục hợp đồng
- Giấy báo Nợ/Có của ngân hàng
- Bảng chấm công, bảng lương, hợp đồng lao động
Danh mục Chứng từ bắt buộc theo từng nghiệp vụ
Để việc thu thập và phân loại chứng từ gốc hiệu quả, bạn cần phân nhóm rõ ràng:
- Nhóm Tiền tệ: Phiếu thu, phiếu chi, giấy báo Nợ/Có phải có đủ chữ ký số hoặc chữ ký tay tùy theo định dạng.
- Nhóm Mua/Bán hàng: Hóa đơn điện tử theo Nghị định 123 và thông tin tra cứu trên hệ thống Tổng cục Thuế. Lưu ý các loại hóa đơn MTT (Máy tính tiền) phải có mã của cơ quan thuế mới được coi là hợp lệ.
- Nhóm Lao động: Ngoài bảng lương, cần thu thập cả căn cứ chấm công số và hợp đồng lao động điện tử để đảm bảo tính khớp đúng.
Quy trình thu thập chuyên nghiệp
Sau đây là quy trình 3 lớp đảm bảo không một Chứng từ nào bị bỏ sót hoặc sai lệch:
- Lớp 1 (Tại bộ phận phát sinh): Nhân viên kinh doanh hoặc kho phải bàn giao chứng từ ngay khi kết thúc giao dịch.
- Lớp 2 (Kiểm soát tính pháp lý): Kế toán thanh toán kiểm tra tính hợp lệ của chữ ký số, mã QR và trạng thái hoạt động của nhà cung cấp trên Portal thuế.
- Lớp 3 (Xác nhận): Kế toán trưởng hoặc phụ trách kế toán ký duyệt số liệu, chính thức đưa vào luồng hạch toán.
Xem chi tiết: Quy trình kế toán doanh nghiệp
Phân loại chứng từ gốc: Khoa học quản trị hồ sơ chuyên nghiệp
Sau khi thu thập, bước thu thập và phân loại chứng từ gốc tiếp theo là sắp xếp chúng vào các ngăn chứa khoa học.
Phân loại theo công dụng
Phân loại chứng từ theo mục đích sử dụng thực tế để đảm bảo tính minh bạch và dễ dàng đối chiếu khi có yêu cầu giải trình thuế:
- Chứng từ chấp hành: Dùng để chứng minh nghiệp vụ đã thực hiện (Hóa đơn, phiếu nhập kho).
- Chứng từ mệnh lệnh: Dùng để ra lệnh thực hiện (Lệnh chi, lệnh điều động).
- Chứng từ thủ tục: Dùng để hoàn thiện hồ sơ kế toán (Bảng phân bổ khấu hao).
Phân loại theo hình thức
Năm 2026, chia làm hai nhánh chính:
- Chứng từ vật lý: Các hồ sơ cũ hoặc đặc thù chưa số hóa (cần lưu kho vật lý).
- Chứng từ số (Data-driven): Các tệp XML, PDF có ký số. Lưu ý: Tệp XML mới là giá trị pháp lý gốc, tệp PDF chỉ là bản hiển thị.
Kiểm tra tính pháp lý trước kỳ quyết toán thuế
Khi thực hiện thu thập và phân loại chứng từ gốc, khâu kiểm tra là tối quan trọng. Một chứng từ gốc “đẹp” năm 2026 phải thỏa mãn:
- Tính đầy đủ: Có đủ 7 nội dung bắt buộc theo Điều 16 Luật Kế toán.
- Tính khớp đúng: Hóa đơn mua hàng trị giá 1 tỷ phải đi kèm phiếu nhập kho và biên bản nghiệm thu tương ứng. Nếu thiếu một trong hai, chi phí này rất dễ bị “trảm” khi thanh tra.
- Tính kịp thời: Chứng từ phải được lập ngay khi phát sinh nghiệp vụ. Việc lập chậm trễ có thể bị phạt từ 3 – 5 triệu đồng mỗi chứng từ theo quy định về xử phạt hành chính.
Lưu trữ và bảo quản theo Thông tư 99/2025/NĐ-CP và chế tài xử phạt
Quy trình thu thập và phân loại chứng từ gốc chỉ thực sự kết thúc khi chứng từ được đưa vào kho lưu trữ an toàn. Tuy nhiên, rủi ro lớn nhất không chỉ là mất dữ liệu mà là các án phạt hành chính rất nặng nếu doanh nghiệp lơ là khâu này.
Quy định về lưu trữ
Để việc tra cứu hồ sơ luôn sẵn sàng phục vụ các kỳ kiểm toán và thanh tra chuyên ngành, doanh nghiệp cần tuyệt đối tuân thủ các mốc thời gian và tiêu chuẩn kỹ thuật lưu trữ sau đây:
- Thời hạn lưu trữ: Vẫn tuân thủ các mốc 5 năm (chứng từ dùng cho quản trị), 10 năm (chứng từ ghi sổ, báo cáo tài chính) và vĩnh viễn (chứng từ quan trọng về an ninh, quốc phòng, kinh tế đặc thù).
- Tiêu chuẩn lưu trữ điện tử: Phải đảm bảo tính sẵn sàng truy cập. Tôi khuyến nghị các doanh nghiệp sử dụng hệ thống E-Archive có khả năng sao lưu đa điểm.
Các mức xử phạt vi phạm về lưu trữ, bảo quản
Để việc thu thập và phân loại chứng từ gốc được thực hiện nghiêm túc, kế toán cần lưu ý các mức phạt sau:
Phạt từ 5.000.000 đến 10.000.000 đối với các hành vi:
- Lưu trữ chứng từ kế toán không đầy đủ theo quy định.
- Bảo quản chứng từ kế toán không an toàn, để hư hỏng, mất mát tài liệu trong thời hạn lưu trữ.
- Sử dụng chứng từ kế toán trong thời hạn lưu trữ không đúng quy định.
Phạt từ 10.000.000 đến 20.000.000 đối with các hành vi:
- Hủy bỏ chứng từ kế toán khi chưa hết thời hạn lưu trữ theo quy định của Luật kế toán.
- Không thành lập Hội đồng tiêu hủy, không thực hiện đúng phương pháp tiêu hủy chứng từ khi hết thời hạn lưu trữ.
Lưu ý: Nếu hành vi dẫn đến việc làm sai lệch số liệu trên báo cáo tài chính hoặc gây thất thu thuế, doanh nghiệp còn phải chịu thêm các mức phạt về thuế và chậm nộp rất cao (thường là 20% số thuế khai thiếu).
Kết luận và khuyến nghị
Khung pháp lý kế toán – thuế ngày càng siết chặt từ năm 2026, thu thập và phân loại chứng từ gốc không còn là công việc mang tính thủ tục, mà đã trở thành một chiến lược quản trị rủi ro tài chính của doanh nghiệp. Một hệ thống chứng từ được kiểm soát tốt ngay từ điểm phát sinh sẽ giúp doanh nghiệp chủ động trước thanh tra, bảo vệ chi phí hợp lệ và duy trì tính minh bạch trong vận hành.
Thực tế cho thấy, phần lớn rủi ro về thuế không đến từ con số sai, mà đến từ chứng từ thiếu hoặc không đủ “chân” pháp lý. Vì vậy, việc rà soát định kỳ quy trình thu thập, phân loại, kiểm tra và lưu trữ chứng từ gốc là điều doanh nghiệp nên thực hiện sớm, thay vì đợi đến kỳ quyết toán mới xử lý.
Nếu doanh nghiệp của bạn đang gặp khó khăn trong việc chuẩn hóa hồ sơ chứng từ, xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ hoặc chuẩn bị hồ sơ kế toán – thuế theo đúng Thông tư 99/2025/TT-BTC, việc tham vấn ý kiến từ MAN – Master Accountant Network với đội ngũ kế toán trưởng và chuyên gia thuế giàu kinh nghiệm sẽ giúp tiết kiệm đáng kể thời gian, chi phí và rủi ro pháp lý. Một bước kiểm tra đúng lúc có thể giúp doanh nghiệp tránh được những hệ quả lớn về sau.
Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.
